1. การบูรณาการ  ยึดหลัก การไม่แบ่งแยกระหว่างวิชาศาสนากับวิชาสามัญ
2. ดุลยภาพที่ครอบคลุม สติปัญญา ร่างกายและจิตวิญญาณ
3. ความครอบคลุม มุ่งเน้นความเจริญเติบโตของมนุษย์ในทุกด้าน
4. มุ่งสู่จุดมุ่งหมาย หรือจุดเน้นไว้ 5 ประการ
5. ความต่อเนื่อง อดทนและยืนหยัดในการสร้างให้นักเรียนบรรลุตามเป้าหมายของการศึกษา
6. การเชื่อมโยงกับความศรัทธา การดำรงชีวิตตามสุนนะห์ และการใช้ชีวิตในสังคม
7. ประสิทธิภาพและประสิทธิผล โดยการจัดการศึกษาเชิงระบบและการประกันคุณภาพการศึกษา

ทำไมต้องจัดการศึกษาแบบบูรณาการ

       เป้าหมายของการจัดการศึกษาอิสลามกับการศึกษาโดยทั่วไป(Secular : การศึกษาที่แยกวิชาศาสนากับวิชาสามัญ) นั้น มีเป้าหมายเหมือนกัน(Share Value) คือ เพื่อสร้างคนดี(ศอลิหฺและมุสลิหฺ) แต่มีวิธีการ(Methodology)ที่ต่างกัน การจัดการเรียนรู้แบบบูรณาการ มีขั้นตอนดังนี้

       ขั้นแรก คือ การตรวจสอบความรู้ว่าความรู้ใดที่ไม่ถูกต้องตามบทบัญญัติอิสลาม

       ขั้นที่สอง คือ การทำความรู้ที่ไม่ถูกต้องกับบทบัญญัติอิสลาม ให้ถูกต้อง และอธิบายเพิ่มเติมในส่วนที่ไม่ถูกต้อง(อิสลามนุวัตรองค์กรความรู้)  

       ขั้นที่สาม คือ การบูรณาการวิชาการอิสลามในรายวิชาสามัญ หรือการนำวิทยาการสมัยใหม่ มาอธิบายเพิ่มเติมในความรู้อิสลาม เพื่อเพิ่มความเข้าใจมากขึ้น

        การจัดการเรียนรู้แบบบูรณาการอิสลามหรือวิทยากรสมัยใหม่ มี 3 ระดับ คือ  บูรณาการโครงสร้างหลักสูตรและเนื้อหา  บูรณาการกิจกรรมการเรียนรู้ และการสร้างบรรยากาศ 

หลักการและความเชื่อ (Belief and Principle)

1. การจะเป็นผู้นำบนผืนแผ่นดิน (Khalifah) ต้องมีความรู้เป็นฐาน
2. ความรู้นั้น มาก่อนอีหม่าน
3. ศาสตร์ทุกศาสตร์บนโลกนี้เป็นของอัลลอฮฺ (ซ.บ.) และต้องกลับไปสู่พระองค์
4. ความรู้คือเงื่อนไขให้ประสบความสำเร็จทั้งบนโลกนี้และโลกหน้า
5. บรรดาผู้ที่มีความรู้เท่านั้น ที่เกรงกลัวอัลลอฮฺ (ซ.บ.)
6. อัลลอฮฺ (ซ.บ.)จะทรงยกสถานะของผู้ที่มีความศรัทธา (อีหม่าน) และมีความรู้ที่ยังประโยชน์